Storyboard導入によって無くなった。また main() と application:didFinishLaunchingWithOptions: 内の記述が変わった事に触れている。
この記事に記載されているアプリ起動シーケンス図は参考になる（図はCCライセンス）。
以下引用。
MainWindow.xib が消えた
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