MainWindow.xib が消えた

Storyboard導入によって無くなった。また main() と application:didFinishLaunchingWithOptions: 内の記述が変わった事に触れている。

Revisiting the App Launch Sequence on iOS – Ole Begemann

この記事に記載されているアプリ起動シーケンス図は参考になる（図はCCライセンス）。
以下引用。